Informations générales

Référence

2022-7637  

Date de début de diffusion

16/03/2022

Date de parution

16/03/2022

Description du poste

Métier

Bio info / biostat - Stagiaire Ingéniérie de recherche (Bio info / biostat)

Intitulé du poste

ALTERNANCE - M2 Bioinformatique - H/F

En français : titre du projet de recherche (si CDD scientifique)/sujet de stage/sujet d'apprentissage/objet de l'accueil)

Amélioration d'outils et de procédures bioinformatiques de détection de nouveaux pathogènes dans le contexte de traitement de données de séquences métagénomiques diagnostiques et environnementales

Missions/Activités

Le Hub de Bioinformatique et Biostatistique est une équipe dirigée par Marie-Agnès Dillies et Christophe Malabat destinée au support en biologie computationnelle aux Unités de recherche et plateformes de l'Institut Pasteur. Le Hub est organisé en sept groupes experts
(algorithme, développent web, génomique, transcriptomique & épigénomique, phylogénie, statistique et bioinformatique des système).

Le Hub à quatre missions : apporter un support direct aux unités de recherche par le biais de collaboration sur des projets de recherche ou via des open desk hebdomadaire ; Former le personnel de l'IP, en particulier les étudiants et post-doc à la biologie computationnelle ; réaliser des développements méthodologiques et technologiques au service du campus créer un réseau en bioinformatique en interne et vers l'extérieur de l'Institut.

Vos missions :
Amélioration d'outils et de procédures bioinformatiques de détection de nouveaux pathogènes dans le contexte de traitement de données de séquences métagénomiques tant diagnostiques qu'environnementales. Ce travail s'inscrit principalement dans le service rendu au Laboratoire de Découverte de Pathogènes qui reçoit et traite de nombreux échantillons avec des outils développés par le Hub de Bioinformatique et Biostatistique.

Objectifs spécifiques :
- Automatisation du processus d'analyse. Le pipeline d'analyse existant nécessite une préparation des données (démultiplexage, déplacement, contrôle de l'intégrité…) qui est actuellement fait manuellement
- Automatisation de l'édition de rapports. Les résultats du pipeline peuvent donner lieu à l'édition de rapports dont certaines informations sont des métriques/informations (versions des bases de données, ) qui ne nécessitent pas d'interprétations humaines et qui devraient être pré-remplies automatiquement.
- Croisement des résultats d'analyses de nature différente. De nombreuses analyses de natures différentes (humains, réservoirs animaux) sont réalisées, et l'exploration transversale de points commun entre échantillons différents peut permettre de mettre en évidence la présence de pathogènes non connus jusqu'alors. Les échantillons devront donc subir une exploration transversale pour extraire les séquences rares non connues des bases de données qui sont retrouvées dans plusieurs échantillons.
- Gestion du stockage et de l'archivage des données. Journalisation des analyses, archivage des échantillons anciens, nettoyage régulier de l'espace temporaire de travail. Nécessité de développer une interface textuelle facile d'utilisation voire une interface graphique pour gérer l'ensemble des expériences, leur présence ou transfert sur le stockage froid ou le stockage de calcul, et pouvoir [re]lancer des analyses si besoin.

Profil

- Expérience en scripts de ligne de commandes (bash / python)
- Intérêt pour l'aspect épidémique et sa composante dynamique.
- Capacité d'immersion et d'interaction avec différents profils de Biologistes
En outre,
le/la candidat(e) devra avoir un certain degré d'autonomie et la capacité d'organiser son temps efficacement, en alternant entre plusieurs tâches en même temps.
Il/Elle doit être méthodique et rigoureux(se), afin de garantir la qualité et la reproductibilité de ses résultats.
En étant ouvert à la discussion et à la recherche de conseils d'autres personnes, le/la candidat(e) bénéficiera grandement de l'environnement multi-compétences du Hub, qui renforcera son expérience d'apprentissage et lui donnera un aperçu de première main de la diversité de la bioinformatique et les champs biostatistiques.

Compétences acquises à l'issue de votre stage/période d'apprentissage

- Méthodes de comparaison d'échantillons métagénomiques
- Piplines
- Interfaces graphiques pour la gestion des données

Déplacements

Pas de déplacements

Critères candidat

Niveau d'étude souhaité

Bac + 4

Certification ou habilitation requise

Aucune

Compétences linguistiques

Anglais (B2 - Opérationnel)

Localisation du poste

Localisation du poste

France, Paris

Demandeur

Poste à pourvoir le

05/09/2022