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Moteur de recherche d'offres d'emploi INSTITUT PASTEUR

Alternance Master Bio Informatique H/F


Détail de l'offre

Informations générales

Référence

2020-4128  

Date de début de diffusion

18/03/2020

Date de parution

18/04/2020

Description du poste

Métier

Bio info / biostat - Stagiaire Ingéniérie de recherche (Bio info / biostat)

Intitulé du poste

Alternance Master Bio Informatique H/F

En français : titre du projet de recherche (si CDD scientifique)/sujet de stage/sujet d'apprentissage/objet de l'accueil)

Développement d'un pipeline d'analyse de flores microbiennes pour la santé humaine

Missions/Activités

Nous avons à notre disposition aujourd'hui, les données de séquençage de 3 projets métagénomiques :
Le projet Malinea est un très grand projet d'exploration de la malnutrition aigue modérée (MAM) chez les jeunes enfants (moins de 2 ans). Il implique 3 pays africains, Madagascar, la République Centrafricaine et le Sénégal, 900 prélèvements ont été séquencés.
Il vise à mesurer l'impact de la flore digestive sur l'issue de la re-nutrition des enfants.-
La recherche de marqueurs prédictifs de succès ou d'échec de re-nutrition utilisable pour le suivi des enfants est ainsi envisagée.
Le projet Pathoplast est un projet d'exploration de la biodiversité bactérienne et eucaryote colonisant les (macro) plastiques flottants dans 2 lagunes d'Abidjan (Côte d'Ivoire), à 3 saisons différentes.
Son objectif est de savoir si la colonisation des plastiques est un facteur favorisant la dissémination des pathogènes responsables de maladies diarrhéiques : dysenterie, choléra, amibiases …

Un projet pilote de séquençage Pacbio est en cours de réalisation. Il a pour objectif d'explorer la flore bactérienne du tube digestif de moustiques (Aedes albopictus), lors de l'infection par le virus du Chikungunya à deux températures différentes, 20 degrés C et 28 degrés C, reproduisant ainsi les conditions tempérées et tropicales.

C'est dans ce contexte que nous souhaitons optimiser nos approches et automatiser nos outils d'analyse actuellement basés sur le package mothur (Schloss et al., Appl. Environ. Microbiol. 2009. DOI: 10.1128/AEM.01541-09). A terme, le pipeline sera dédié à des projets d'exploration de la biodiversité des gites larvaires des moustiques colonisant de nouvelles zones géographiques en Europe et en Afrique, en raison du changement climatique.

Missions spécifiques:

- Développement d'un pipeline d'analyse métagénomique basé sur mothur (https://github.com/mothur/mothur)

- Recherche de solutions informatiques pour la gestion d'un très grand nombre d'échantillons (supérieur à 100)

- Recherche de solutions bioinformatiques pour optimiser la recherche de parasites et de champignons (ARNr 18S)

- Intégration de scripts (R) pour la visualisation et la validation statistique des résultats

- Participation à l'analyse de données Illumina (Malinea et Pathoplast) et Pacbio (métagénomes de moustiques)

Profil

Profil Recherché:

- Qualités de communication, compétences en programmation (langage python, c++,R)
- Compétences en statistiques, Intérêt pour l'analyse de données et pour les projets de santé publique

Compétences acquises à l'issue de votre stage/période d'apprentissage

Compétences approfondies en statistiques

Déplacements

France

Critères candidat

Niveau d'étude souhaité

Bac + 4

Certification ou habilitation requise

Aucune

Localisation du poste

Localisation du poste

France, Paris

Lieu

75015

Demandeur

Poste à pourvoir le

01/09/2020