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Moteur de recherche d'offres d'emploi INSTITUT PASTEUR

Bioinformaticien.ne (H/F) - développement d'approches métabolomiques/lipidomiques H/F


Détail de l'offre

Informations générales

Référence

2021-6178  

Date de début de diffusion

01/06/2021

Date de parution

01/06/2021

Description du poste

Métier

Bio info / biostat - Ingénieur de recherche (Bio info / biostat)

Intitulé du poste

Bioinformaticien.ne (H/F) - développement d'approches métabolomiques/lipidomiques H/F

Missions/Activités

Dans le cadre de la création d'une nouvelle plate-forme technologique (https://research.pasteur.fr/en/team/metabolomics-core-facility/) dont l'activité portera essentiellement sur le développement d'approches métabolomiques/lipidomiques non ciblées et ciblées, l'Institut Pasteur recherche un(e) ingénieur(e) de recherche en bioinformatique/biostatistique appliquée (i) au développement d'outils pour l'annotation de composés et (ii) à l'interprétation (utilisation de réseaux) de données métabolomiques/lipidomiques.

Dans ce nouveau contexte, la personne aura comme principales missions :
* Utiliser et développer des méthodes et outils permettant l'annotation des composés connus et inconnus issus des expériences (HRMS, MS/MS et MSn) réalisées à la plate-forme
* Utiliser et développer des méthodes et outils (à partir des réseaux métaboliques, …) permettant l'interprétation biologique des résultats expérimentaux
* Construire des bases de données caractérisant les composés (polaires et lipides) et développer des outils pour leur exploitation/enrichissement dans le cadre des expériences futures
* S'assurer de la reproductibilité et de la pérennité des méthodes/outils développés
* Maintenir une veille bibliographique active et évaluer les outils et méthodes publiés
* Réaliser le traitement et l'analyse des données en collaboration avec les ingénieurs de la plate-forme et les unités de recherche du campus
* Participer à la stratégie de développement technologique de la plate-forme au regard de l'état de l'art et du positionnement scientifique des unités de recherche de l'Institut Pasteur
* Participer à l'activité de formation et d'enseignement dans le domaine de la bioinformatique/statistique appliquée à la métabolomique
* Valoriser les outils et travaux par la rédaction d'articles scientifiques et la participation à des conférences
* S'insérer dans les réseaux scientifiques du domaine

La personne recrutée sera recrutée au Hub de bioinformatique et biostatistique et détachée à la plateforme de métabolomique. Elle consacrera donc 80% de son temps à la plateforme et 20% de son temps au Hub, pour les tâches dédiées à la communauté pasteurienne (enseignement, partage et mutualisation d'expérience en bioinformatique et statistiques).

Profil

Profil recherché :

Compétences techniques et scientifiques :
* Titulaire d'un doctorat (PhD) ou diplôme d'ingénieur/master en chémoinformatique, bioinformatique et/ou mathématiques/biostatistique ayant une expérience dans l'utilisation ou le développement d'outils de réseaux (métaboliques et moléculaires par exemple)
* Maîtrise des outils statistiques d'exploration de données, modélisation, inférence, visualisation. Une connaissance des méthodes d'apprentissage (réseaux de neurones pour le machine learning ou le deep learning) pour la reconnaissance de spectres et l'annotation de composés serait appréciée
* Maîtrise des langages R et/ou Python, utilisation de bash, connaissance d'autres langages comme C/C++
* Fort intérêt envers les outils facilitant la reproductibilité et le versioning
* Bon niveau en anglais écrit et oral (B2/C1)

Savoir-être :
* Rigueur, pédagogie, curiosité scientifique et intérêt pour la biologie
* Autonomie à la conduite et au suivi de projets et capacité à contribuer simultanément à plusieurs types d'analyses
* Qualités relationnelles, savoir travailler en équipe et interagir avec plusieurs interlocuteurs aux compétences différentes

Type de contrat

Contrat à durée indéterminée

Temps de travail

Temps plein

Travail le we

Non

Astreintes

Non

Déplacements

Pas de déplacements

Critères candidat

Niveau d'années d'expérience souhaitée

3 à 5 ans

Niveau d'étude souhaité

Bac + 8

Certification ou habilitation requise

Aucune

Compétences linguistiques

Anglais (C1 - Maîtrise)

Localisation du poste

Localisation du poste

France, Paris

Demandeur

Poste à pourvoir le

01/07/2021