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Moteur de recherche d'offres d'emploi INSTITUT PASTEUR

Ingénieur de recherche confirmé en génomique microbienne (bactéries pathogènes entériques) H/F


Détail de l'offre

Informations générales

Référence

2020-3934  

Date de début de diffusion

11/02/2020

Date de parution

13/03/2020

Description du poste

Métier

Autres domaines Ingénierie de la recherche - Ingénieur de recherche confirmé

Intitulé du poste

Ingénieur de recherche confirmé en génomique microbienne (bactéries pathogènes entériques) H/F

Missions/Activités

Vos missions seront les suivantes:

- Exploitation des données issues des milliers de génomes bactériens produits dans l'unité chaque année, que ce soit dans un contexte de surveillance ou d'études spécifiques

- Mettre en œuvre ou développer les différents outils analytiques nécessaires (par exemple cgMLST, GWAS, ...) à l'étude de la structure des populations et de l'évolution génétique et phénotypique de nos pathogènes d'intérêt (Salmonella, Shigella, E. coli et Vibrio) puis les interpréter.
L'analyse de ces données pouvant être urgente dans le cadre d'investigation d'épidémies. Pouvoir se former rapidement à l'analyse de données métagénomiques et transcriptomiques

- Valoriser les données de surveillance génomiques et les collections de souches historiques par des travaux conduisant à des publications scientifiques de haut niveau
- Présenter les travaux scientifiques de l'Unité dans des réunions ou des congrès nationaux et internationaux

- Accompagner la transition entre la microbiologie classique et la génomique en temps réel pour les autres membres de l'Unité

Profil

Profil recherché:

- Thèse en bio informatique, mathématiques, statistiques ou en biologie avec post-doctorat en génomique microbienne

- Parfaite connaissance du traitement des données NGS (QC, filtration, assemblages, mapping, visualisation)

- Très bonne connaissance des différents logiciels d'analyses (RAxML, BEAST, Roary, iTOL, ... ou équivalents)

- Pouvoir mettre en place des pipelines d'analyse et de gestion de grandes quantité de données omiques

- Maitrise de R et python

- Anglais courant

- Motivation, rigueur, autonomie, réactivité et bonne communication

- Plusieurs publications comme premier auteur dans des journaux scientifiques pertinents

Type de contrat

Contrat à durée indéterminée

Temps de travail

Temps plein

Travail le we

Non

Astreintes

Non

Déplacements

International

Critères candidat

Niveau d'années d'expérience souhaitée

3 à 5 ans

Certification ou habilitation requise

Aucune

Compétences linguistiques

Anglais (C1 - Maîtrise)

Localisation du poste

Localisation du poste

France, Paris

Lieu

75015

Demandeur

Poste à pourvoir le

02/03/2020