Référence

2023-9382  

Date de début de diffusion

17/01/2023

Date de parution

17/01/2023

Description du poste

Métier

Autres domaines Ingénierie de la recherche - Ingénieur de recherche

Intitulé du poste

Ingénieur.e en Analyse d'Image/Image Analyst Microscopy - H/F

Missions/Activités

Au sein d'une équipe de l'Institut Pasteur à Paris, l'ingénieur.e s'intégrera dans une équipe composée principalement de microbiologistes, généticiens et biochimistes. L'ingénieur.e travaillera en étroite collaboration avec plusieurs membres de l'équipe et avec la plateforme d'imagerie de l'Institut Pasteur si nécessaire.

Missions
• Implémenter des outils informatiques pour des analyses quantitatives sur des images et des vidéos de microscopie en phase de contraste et fluorescence.
Activités
• Utiliser des logiciels pour l'analyse et le traitement quantitatif des images : Analyse de la distribution des protéines intracellulaires, reconnaissance de forme, suivi de cellules en croissance, segmentation, etc.
• Collaborer avec les utilisateurs (étudiants en thèse, ingénieurs, et chercheurs) en développant de nouveaux algorithmes pour résoudre les problèmes de traitement d'images pour les données de microscopie de bactéries.
• Former les utilisateurs de l'équipe au fonctionnement des scripts qui seront produits.
• Gérer les serveurs utilisés pour l'analyse des images et le stockage des données.
• Assurer un support à l'équipe en bio-ingénierie et informatique scientifique.
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Within a team from the Institut Pasteur in Paris, the engineer will join a team composed mainly of microbiologists and biochemists. The engineer will work in close collaboration with several members of the team and with the Institut Pasteur imaging platform if necessary.

Tasks
• Implement computer tools for quantitative analyzes on contrast and fluorescence phase microscopy images

Activities
• Analysis and quantitative processing of images: distribution of intracellular proteins, shape recognition, monitoring of growing cells, segmentation, etc
• Collaborate with students and researchers in developing new algorithms to solve image processing problems for bacteria microscopy data
• Train users in the operation of the scripts that will be produced
• Manage servers used for image analysis and data storage

Profil

Compétences
• Diplôme universitaire (ou école d'ingénieurs en physique, informatique, mathématiques. Ou biologiste avec une expérience prouvée dans le domaine
• Expérience dans l'application et/ou le développement d'outils d'analyse d'images utilisant ImageJ, MATLAB ou un langage de programmation équivalent (C++, Python, JavaScript, etc.) ou des logiciels spécifiques (MicrobeJ, Oufti, Nikon GA, etc, SuperSegger, etc)
• La connaissance des algorithmes de segmentation, de suivi et de reconnaissance de formes est obligatoire.
. Des connaissances en microbiologie et manipulations au microscope seraient appréciées
• Être capable de communiquer en anglais.
• Autonomie, rigueur et sens de l'initiative dans l'exercice de ses fonctions
• Savoir travailler en équipe.
• Être doté d'une bonne capacité d'organisation et d'adaptation

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Skills
• Degree on engineering in physics, computer science, mathematics. Or biologist with proven experience in the field
• Experience in the application and/or development of image analysis tools using ImageJ, MATLAB or an equivalent programming language (R, Python, JavaScript, etc.) or specific software (MicrobeJ, Oufti, Nikon GA, SuperSegger, etc.)
• Knowledge of segmentation, tracking and pattern recognition algorithms
• Autonomy, rigor and sense of initiative in the performance of his duties
• Be able to communicate in English

Type de contrat

Contrat à durée déterminée

Durée du contrat

12

Temps de travail

Temps plein

Astreintes

Non

Critères candidat

Niveau d'années d'expérience souhaitée

0 à 2 ans

Niveau d'étude souhaité

Bac + 5

Certification ou habilitation requise

Aucune

Compétences linguistiques

Anglais (C1 - Maîtrise)

Localisation du poste

Localisation du poste

France, Paris

Lieu

Demandeur

Poste à pourvoir le

01/03/2023