Ingénieur Biologie Moléculaire et Séquençage haut débit H/F

Détail de l'offre

Référence

2022-8351  

Date de début de diffusion

07/07/2022

Date de parution

08/07/2022

Description du poste

Métier

Autres domaines Ingénierie de la recherche - Ingénieur de recherche

Intitulé du poste

Ingénieur Biologie Moléculaire et Séquençage haut débit H/F

Missions/Activités

L'Ingénieur Biologie Moléculaire et Séquençage haut débit aura un rôle double, à part égale de son temps:

1/ Dans cadre d'une collaboration pluriannuelle en Métagénomique clinique, entre l'Institut Necker et le laboratoire de Découverte des Pathogènes de l'Institut Pasteur.
L'objectif général est l'identification de pathogènes dans des échantillons cliniques de syndromes inflammatoires avec un trigger infectieux possible sans diagnostic établi, sur la base de la technologie de séquençage à haut débit. Cette recherche de pathogènes permet de combiner la découverte scientifique de pathogènes avec une meilleure prise en charge de certains patients. L'activité
est alimentée par prescription médicale, c'est à dire que le flux est permanent avec dans certains cas un caractère d'urgence.

Missions et activités:
La personne recrutée aura pour charge de séquencer environ 150 échantillons par an : traitement de l'échantillon, librairies et séquençage.
-Traitement des échantillons pour l'extraction des acides nucléiques. Fabrication des banques de séquençage. Contrôle qualité des acides nucléiques et des banques et interprétation critique des résultats à chaque étape.
- Chargement du séquenceur haut débit Illumina NextSeq500, et interprétation du contrôle qualité du séquençage.
- Utilisation de différents logiciels (Excel et logiciels de pilotage de différents appareils).
- Reporting régulier auprès de l'équipe de l'IP qui assure un appui technique et scientifique.
- Mise au point de l'extraction robotisée des acides nucléiques dans un second
temps.L'extraction des acides nucléiques et la fabrication des banques seront à mener sur le site de l'Institut Necker. Le séquençage, ainsi que les études complémentaires de biologie moléculaire seront réalisées à l'Institut Pasteur. Une formation et un suivi technique et scientifique régulier seront assurés par le laboratoire Découverte des Pathogènes.

Ces activités se dérouleront à cheval entre Necker (prise en charge échantillons, traitement librairie = 75% du temps) et l'IP (séquençage = 25% du temps)


2/ Fort de l'expertise gagné au fil du temps, l'Ingénieur Biologie Moléculaire et Séquençage haut débit consacrera 50% du temps aux projets de la plateforme technologique Biomics.

Missions et activités
Soutien à l'utilisation en autonomie d'équipement technologique dont plusieurs séquenceur à haut débit (Illumina, Nanopore). La plateforme Biomics possède une salle dédiée aux utilisateurs des autres unités de l'institut Pasteur. La personne recruté sera en charge
i. de mettre en place une matinée porte ouverte pour répondre aux questions des utilisateurs ;
ii. de promouvoir l'utilisation autonome au sein de l'institut Pasteur
iii. d'aider à la formation aux équipements et au maintien de la salle. La plateforme commencera dans un premier temps par une formation complète de la personne à chaque équipement.

Profil

Titulaire d'un diplôme dans les domaines des sciences et technologies de laboratoire, notamment Biologie Moléculaire et/ou Biotechnologies
- Maîtrise des techniques de biologie moléculaire
- Expérience dans le domaine du séquençage souhaité (vous serez formé pour monter en expertise)
– Habilité au travail en environnement P2

Profil Curieux et motivé, organisé et autonome (nombreux référents, et travail sur deux sites)
Flexible, adaptable, bon en reporting pour la traçabilité.
Intérêt à communiquer et partager ses résultats et ses connaissances

Type de contrat

Contrat à durée déterminée

Durée du contrat

18 mois

Temps de travail

Temps plein

Travail le we

Non

Astreintes

Non

Déplacements

Pas de déplacements

Critères candidat

Niveau d'années d'expérience souhaitée

0 à 2 ans

Niveau d'étude souhaité

Bac + 5

Certification ou habilitation requise

Aucune

Compétences linguistiques

Anglais (B2 - Opérationnel)

Localisation du poste

Localisation du poste

France, Paris

Lieu

Paris

Demandeur

Poste à pourvoir le

01/07/2022