Référence

2025-14758  

Date de début de diffusion

17/03/2025

Date de parution

21/03/2025

Description du poste

Métier

Autres domaines Ingénierie de la recherche - Technicien supérieur de recherche

Intitulé du poste

ALTERNANCE - Technicien supérieur de recherche - Microbiologie et infection H/F

En français : titre du projet de recherche (si CDD scientifique)/sujet de stage/sujet d'apprentissage/objet de l'accueil)

Etude de la diversité génétique des isolats cliniques d'espèces fongiques fréquentes / Study of genetic diversity of fungal clinical isolates

Missions/Activités

🎯 Missions
Le but de ce travail est d'utiliser des techniques de génotypage déjà mises en place au CNRMA pour étudier la diversité génétique d'espèces fréquentes responsables d'infections invasives en France et d'optimiser des techniques de génotypage par séquençage à haut débit pour certaines espèces, afin d'améliorer la méthode de génotypage mise en place au CNRMA.
Les isolats appartiennent à 6 espèces fongiques : Candida albicans, Nakaseomyces glabratus, C. parapsilosis, C. tropicalis, Pichia kudriavzevii et Aspergillus fumigatus. Il s'agit des isolats cliniques purifiés et identifiés au préalable par le CNRMA, conservés à -80°C, recueillis dans le cadre d'une étude ponctuelle de surveillance nationale.
Selon les espèces, les techniques disponibles ou à mettre en place sont différentes :
1. Détermination du génotype des isolats d'A. fumigatus (environ 40 isolats) en utilisant 8 marqueurs microsatellites :
• Extraction d'ADN génomique par technique utilisée en routine au CNRMA
• Dosage de l'ADN
• Amplification uniplex par PCR point final selon un protocole utilisé en routine au CNRMA.
• Préparations des échantillons et envoi à la plateforme de séquençage Eurofins.
• Analyse des pics avec le logiciel PeakScanner.

2. Détermination du génotype des isolats de C. parapsilosis (environ 20 isolats) en utilisant 4 marqueurs microsatellites :
• Extraction d'ADN génomique par technique utilisée en routine au CNRMA
• Dosage de l'ADN
• Amplification uniplex par PCR point final selon un protocole utilisé en routine au CNRMA
• Préparations des échantillons et envoi à la plateforme de séquençage Eurofins.
• Analyse des pics avec le logiciel PeakScanner.

3. Détermination du génotype des isolats de N. glabratus (environ 20 isolats) selon le profil MLST par séquençage du génome entier.
• Extraction d'ADN génomique par technique utilisée en routine au CNRMA
• Dosage de l'ADN
• Séquençage par la plateforme P2M de l'Institut Pasteur.
• Données de génome entier analysé à partir des fichiers fasta générés par P2M : vérification de la qualité des séquences, détermination des profils alléliques avec le module blastx (commande unix ou R)
• Eventuellement PCR point final et séquençage Sanger pour confirmer certains résultats

4. Détermination du génotype des isolats de C. albicans (n=50), C. tropicalis (n=15), P. kudriavzevii (n=15) selon le profil MLST après optimisation par Ampliseq ou Imap (PCR multiplex en séquençage haut débit).
• Extraction d'ADN génomique par technique utilisée en routine au CNRMA
• Dosage de l'ADN
• Préparation des librairies avec le kit IMAP ou Ampliseq de Illumina designé pour chaque organisme
• Séquençage par la plateforme OMICS de l'Institut Pasteur.
• Analyse de séquences obtenues
• PCR point final et séquençage Sanger pour confirmer certains résultats
En fonction des résultats obtenus et les difficultés rencontrée, l'étude pourra se faire uniquement sur certaines espèces ou pour quelques isolats.

Profil

✅ Profil
Connaissances générales en microbiologie, biologie moléculaire (manipulation de microorganismes en milieu stérile, pipetage,..), UNIX
• Savoir être
o Motivation
o Esprit critique
o Rigueur et fiabilité
o Sens de l'organisation
o Curiosité scientifique
o Aisance informatique

Compétences acquises à l'issue de votre stage/période d'apprentissage

- Maitriser la démarche scientifique et les techniques en mycologie
• Mener un projet scientifique en mycologie pour explorer la diversité

📑Vos conditions et environnement de travail :
• Forfait mobilité douce ou remboursement de 75% des titres de transport
• Cantine d'entreprise, restaurants, cafétérias
• Salles de sports, 30 activités culturelles/artistiques/sportives sur le campus
• Engagements RSE forts, et initiatives des collaborateurs encouragées
• Environnement multiculturel (plus de 75 nationalités sur le campus)
• Univers multigénérationnel et qui favorise l'égalité des genres
• Une communauté active d'alternants qui se réunit régulièrement
• Et… un réseau d'alumni pour l'après (ainsi qu'une belle ligne sur le CV !)
🔬L'Institut Pasteur conduit des recherches biomédicales de pointe et avant-gardistes depuis plus de 130 ans.
Sur notre campus de 5 hectares en plein Paris (15è arrondissement), dans un environnement multiculturel et stimulant, 3000 personnes collaborent pour répondre aux ambitions de l'Institut Pasteur.
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Critères candidat

Niveau d'étude souhaité

Bac + 3

Localisation du poste

Localisation du poste

France, Paris

Lieu

Demandeur

Poste à pourvoir le

01/09/2025