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Ingénieur de recherche confirmé en métabolomique H/F


Détail de l'offre

Informations générales

Référence

2021-5462  

Date de début de diffusion

14/01/2021

Date de parution

14/02/2021

Description du poste

Métier

Autres domaines Ingénierie de la recherche - Ingénieur de recherche confirmé

Intitulé du poste

Ingénieur de recherche confirmé en métabolomique H/F

Missions/Activités

Dans le cadre de la création d'une nouvelle plateforme technologique, l'institut Pasteur recherche un(e) ingénieur(e) de recherche en chimie analytique (spectrométrie de masse) appliquée aux analyses métabolomiques. L'activité de la plateforme portera essentiellement sur le développement d'approches métabolomiques non ciblées / ciblées qui seront utilisées pour soutenir la recherche de pasteur.

Dans ce nouveau contexte, la personne aura comme principales missions de :
- Prendre en charge les développements et optimisations de méthodes analytiques LC-HRMS et LC-MS/MS (DDA et DIA) pour des analyses métabolomiques. La personne sera également à l'interface entre la partie analytique et computationnelle pour aider le bio-informaticien à implémenter les bases de données spectrales et de développer des stratégies d'annotations sur la base de ces acquisitions.
- Prendre en charge la gestion de projet de demande d'analyses, réaliser les analyses et optimisations métabolomiques non ciblées et ciblées (de la préparation d'échantillons à l'interprétation) en collaboration avec les équipes de biologistes de l'Institut Pasteur et des externes.
- Participer à la stratégie de développement technologique de la plateforme (analytiques et traitement de données - annotation) au regard de l'état de l'art et du positionnement scientifique des unités de recherche de Pasteur.
- Participer au maintien du parc analytique.
- Faire des formations et de l'enseignement au près des scientifiques de Pasteur.
- Valoriser les travaux par la rédaction d'articles scientifiques et participation à des conférences.
- S'insérer dans les réseaux scientifiques du domaine

Profil

- Titulaire d'un doctorat, Ph. D. ayant une expérience solide en développement de méthodes analytiques LC-HRMS et LC-HRMS/MS (type Orbitrap), en analyse structurale des petites molécules et en traitement de données appliquées à des analyses métabolomiques.
- Expériences pratiques des mécanismes de fragmentation des molécules en MS/MS et MSn type DIA / DDA.
- Réalisation de base de données spectrales et harmonisation des données LC-HRMS/MS entre différents appareils (voir autres bases de données).
- Expérience de développement de méthodes d'analyses métabolomiques non ciblées et d'expériences MS/MS type DIA sur Orbitrap tribride serait un plus.
- Expérience de développement de méthodes d'analyses de quantifications absolues couplées ou non à des analyses non ciblées.
- Maitrise des outils informatiques de retraitement de données de masse (MS-DIAL, XCMS, …) et des logiciels constructeurs (Xcalibur, compound discover, tracefinder, …) et d'annotation de spectres MS et MS/MS.
- Pratique des pipelines informatiques nécessaires à l'analyse des données métabolomique (galaxy-W4M, …) et à l'interprétation.
- Connaissances en biochimie, informatique R et statistiques (statistiques multivariées, univariées et classification & prédiction (clustering, random forest, …))
- Bon niveau en anglais (C1/C2)
- Autonomie à la conduite et au suivi de projets de R&D et capacité à contribuer simultanément à plusieurs types d'analyses.
- Qualités relationnelles, savoir travailler en équipe et interagir avec plusieurs interlocuteurs aux compétences différentes.

Type de contrat

Contrat à durée indéterminée

Temps de travail

Temps plein

Travail le we

Non

Astreintes

Non

Critères candidat

Niveau d'années d'expérience souhaitée

3 à 5 ans

Niveau d'étude souhaité

Bac + 8

Diplôme souhaité

Bac+8

Certification ou habilitation requise

Aucune

Compétences linguistiques

Anglais (C1 - Maîtrise)

Localisation du poste

Localisation du poste

France, Paris

Demandeur

Poste à pourvoir le

01/03/2021